区分登記の二世帯住宅は売れる？合併登記の要件と、しないで売る道

2026年10月9日2026年11月4日

区分登記した二世帯住宅は、登記上は2戸の建物として扱われるため、1軒の家として売るには先に合併登記で1つの建物に戻す必要があることが多いです。この記事では、区分登記の二世帯住宅がなぜ売りにくいのか、合併登記ができる要件と先に済ませておく登記、費用の目安、そして合併登記をせずに現況のまま手放す道まで整理します。

親世帯と子世帯で建てた二世帯住宅を、親が亡くなって子が相続した。あるいは、子世帯が転居して親だけが残り、施設に入ったので家を売りたい。登記事項証明書を取ると、1階と2階が別々の建物として登記されている。ここで初めて「区分登記」の意味を知る方がほとんどです。

区分登記の二世帯住宅は「2戸の建物」

二世帯住宅の登記には、大きく3つの形があります。

登記の形	建物の数	所有者	建てたときに選ばれた理由
単独登記	1戸	親または子の一人	手続きが簡単
共有登記	1戸	親と子の共有	資金を出し合った
区分登記	2戸	親の区分と子の区分で別々	住宅ローンを別々に組んだ、不動産取得税や固定資産税の軽減を2戸分受けた

区分登記は、1棟の建物のうち構造上・利用上独立した部分をそれぞれ独立した建物として登記するものです。分譲マンションの各部屋と同じ仕組みで、二世帯住宅では「1階は親、2階は子」のように分けます。

建てたときには合理的な選択でしたが、売る段階になると、この「2戸」が壁になります。

区分登記＝1棟の建物を、独立した部分ごとに別の建物として登記すること。登記事項証明書は区分ごとに2通あります。
合併登記＝登記上別々になっている建物を1つの建物にまとめる登記。区分登記を解消して1戸に戻すときに使います。

なぜ売りにくいのか

場面	何が起きるか	理由
売買契約	2戸分の契約と登記になる	登記上は別々の建物だから
買主の住宅ローン	金融機関が合併登記を条件にすることがある	1軒の家として担保評価するには1つの建物であることが要る
片方だけ売る	買い手がほぼいない	1階だけ、2階だけを買って住む人は少ない
相続	親の区分だけ相続登記が要る	区分ごとに名義が違うため

とくに困るのは、片方の区分だけを売ることが現実的でない点です。登記上は2階だけを売ることもできますが、玄関や設備を共有する家の半分を買う人はまずいません。結局は1軒まとめて売ることになり、そのために合併登記が必要になります。

区分登記のままでも、売買そのものは可能です。
ただし買主が一般の方で住宅ローンを使う場合、金融機関が合併登記を求めることが多く、契約後に登記が間に合わず引き渡しが遅れることがあります。
売り出す前に、区分登記かどうかを登記事項証明書で確かめてください。

なお、相続税の場面でも区分登記は影響します。国税庁の案内では、小規模宅地等の特例の同居判定について、区分所有建物である旨の登記がされている建物では、被相続人の居住の用に供されていた部分が判定の対象になるとされています（国税庁「No.4124 小規模宅地等の特例」）。税理士の記事の多くはこの点を扱っていますが、この記事では売却の場面に絞ります。

ご自身の物件が当てはまるか判断が難しい場合は、個別にお答えします。
物件の所在地さえ分かれば、現況のまま買い取れるかをお伝えできます。

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合併登記ができる要件

合併登記には制限があります。不動産登記法56条は、次の建物の合併の登記はできないと定めています。

二表題部所有者又は所有権の登記名義人が相互に異なる建物の合併の登記

三表題部所有者又は所有権の登記名義人が相互に持分を異にする建物の合併の登記

四所有権の登記がない建物と所有権の登記がある建物との建物の合併の登記

五所有権等の登記以外の権利に関する登記がある建物（法務省令で定める登記がある建物を除く。）の合併の登記

——不動産登記法第56条（e-Gov法令検索）

二世帯住宅に当てはめると、次の4点が合っていなければ合併できません。

名義が同じ。親の区分と子の区分が、同じ人（または同じ人たち）の名義になっている
持分が同じ。共有なら、両方の区分で持分の割合が一致している
所有権の登記の有無が同じ。一方だけ表題登記のみ、という状態でない
担保権が無い、または同一。抵当権が片方だけに付いていない（両方に同じ抵当権が付いている場合は例外）

合併登記の前にそろえておく4つの条件と、外れやすい理由 — 二世帯住宅では、名義と抵当権の2つで止まることが多い

名義と持分でよく止まる。親が亡くなって親の区分を相続人3人の共有にすると、子の区分（単独名義）と持分が一致しません。合併するには、親の区分を子の単独名義にまとめるか、両方を同じ持分の共有にする必要があります。共同相続した不動産の整理と同じ問題です。

抵当権でよく止まる。子の区分だけに住宅ローンの抵当権が残っていると、そのままでは合併できません。完済して抵当権抹消をするか、両方の区分に同じ抵当権を設定し直すかになります。親の区分に古い抵当権が残っていれば、休眠抵当権の抹消も先に要ります。

建物の状態も見られる。合併後は1つの建物として建物図面を作り直します。増築で図面と現況が違っていれば、増築部分の未登記の整理もあわせて必要になります。

先に済ませる登記と、費用・期間の目安

合併登記は最後の一手です。その前に、名義と担保権をそろえる登記が入ります。

順番	手続き	誰に頼むか	費用の目安
1	親の区分の相続登記	司法書士	登録免許税（評価額の0.4%）＋報酬
2	抵当権の抹消（残っていれば）	司法書士	登録免許税1,000円／件＋報酬
3	増築未登記などの表題部の整理	土地家屋調査士	内容による
4	建物の合併登記	土地家屋調査士	登録免許税1,000円（合併後の建物1個につき）＋報酬
―	期間の合計	―	相続登記に1〜2か月、合併登記に1か月程度が目安

登録免許税の額は登録免許税法（e-Gov法令検索）の別表で定められています。費用の大半は税ではなく、司法書士・土地家屋調査士の報酬です。建物図面の作り直しや現地調査が要るため、合併登記だけで数万円から十数万円程度を見ておくと現実的ですが、建物の規模や図面の有無で変わります。見積もりで確かめてください。

合併登記そのものは、要件がそろっていれば1か月程度で済みます。
時間がかかるのは、その前の相続登記と抵当権抹消です。
相続人の間で誰の名義にするかが決まらないと、合併登記の入口に立てません。

合併登記をしないで手放す道

ここまでが手続きの話です。実務では、次のような事情で「合併登記の前」で止まっている方が多いです。

親の区分の相続で、兄弟の間で名義をどうするか話がまとまらない
子の区分に住宅ローンが残っていて、完済しないと抵当権が外れない
相続登記と合併登記の費用を、売れるかどうか分からない段階で出したくない
遠方に住んでいて、司法書士・土地家屋調査士との打ち合わせや現地調査に何度も来られない

区分登記の二世帯住宅を、どこまで整理してから手放すか — 先に費用を出さずに終えられるのは、いちばん下

進め方は3つに分かれます。

合併登記まで済ませて仲介で売る。1戸の建物として一般の買主に売り出せます。買主の幅は広がりますが、相続登記・抹消・合併の費用と、数か月の期間を先に負担します。

区分登記のまま、2戸分の契約で売る。買主が現金で買う場合や、金融機関が区分のままの担保を認める場合には成立します。ただし一般の買主では難しく、買主が見つかるまで時間がかかります。

区分登記のまま、現況で取り扱える買主に引き継ぐ。合併登記をするかどうかは買主が判断します。売主は相続登記までを済ませればよく、抵当権の抹消は決済と同時に行う形が取れます。

当社は、訳あり不動産を現況のまま買い取っています。区分登記のままの二世帯住宅についても、それだけを理由に査定の対象外とはしていません。ただし、建物の状態と築年数、名義と持分の状況、抵当権の残債、相続人の間の合意の有無によって、引き受けられるかどうかは個別の判断になります。条件によっては成立しないこともあります。

査定で見ている点

2つの区分の名義がそろっているか、相続登記が済んでいるか
抵当権が残っているか、残債が売却額に収まるか（ローンが残っている家）
建物の状態と築年数、増築部分の登記の有無
相続人の間で売却の合意ができているか

所在地と登記事項証明書があれば、当社で調べます。売主様が先に合併登記を進める必要はありません。

実務で困りやすい点

区分登記だと気づかずに売り出す。買主が決まり、金融機関の審査で「2戸の建物」と分かって止まるのが典型です。売却に必要な書類をそろえる段階で、登記事項証明書が2通出てくるかどうかを見てください。

親の区分に、相続人の一人が住み続けている。売却に反対する相続人が親の区分に住んでいると、名義をそろえること自体ができません。売却に親族が反対しているときの進め方が先になります。

土地も分かれている。区分登記の二世帯住宅では、土地を親と子で分筆して持っていることがあります。建物を合併しても、土地の名義がそろっていなければ売却の契約は複雑なままです。土地の共有持分の整理もあわせて考えます。

建物が古く、合併登記の費用に見合わない。築40年を超え、建物としての価値がほぼ無い二世帯住宅では、合併登記に費用をかけても売値は変わりません。解体費用が払えない空き家と同じで、費用を先に出す前に、現況のまま取り扱える買主がいるかを確かめるほうが早いです。

判断の順番

登記事項証明書を取り、建物が2戸に分かれているかを確かめる（区分ごとに1通ずつ出る）
2つの区分の名義・持分・抵当権を並べて、不動産登記法56条の要件に当てはめる
親の区分の相続登記を済ませる（合併するかしないかに関わらず、売却には必要）
要件がそろい、費用が見合うなら → 抵当権抹消 → 合併登記 → 仲介で売る
そろわない、または費用を先に出したくないなら → 区分のまま現況で取り扱える買主に相談する

相続した空き家の売却や実家じまいの進め方もあわせて読んでください。合併登記の可否や相続税の特例に関わる判断は、土地家屋調査士・司法書士・税理士へご確認ください。

よくある質問

区分登記した二世帯住宅は、そのまま1軒の家として売れますか。

登記上は2戸の建物なので、売買契約も登記も2戸分になります。買主が1軒の家として住宅ローンを組む場合、金融機関から合併登記を求められることが多く、その場合は売る前に区分を解消して1つの建物にします。合併せずに2戸のまま売ることもできますが、買主が限られます。現況のまま取り扱う買主であれば、合併登記を買主側で進める形も取れます。

合併登記ができない場合とは、どんなときですか。

不動産登記法56条により、2つの建物の所有者や持分が異なるとき、一方だけに所有権の登記があるとき、一方に抵当権などの担保権が付いているとき（両方に同一の担保権が付いている場合を除く）は合併できません。二世帯住宅では、親の区分が相続登記されていない、子の区分だけに住宅ローンの抵当権が残っている、という理由で止まることが多いです。

親が亡くなり、親の区分の名義がまだ親のままです。先に何をすればいいですか。

先に親の区分の相続登記をして、子の区分と名義と持分をそろえます。相続人が複数いて親の区分を共有にすると、子の区分（単独名義）と持分が一致せず合併できません。誰の名義にまとめるかを遺産分割で決めてから登記します。相続登記の期限は3年以内で、売却の前提としても必要です。

合併登記の費用はどのくらいかかりますか。

登録免許税は合併後の建物1個につき1,000円で、費用の大半は土地家屋調査士の報酬です。建物図面の作り直しや現地調査が要るため、数万円から十数万円程度が目安ですが、建物の規模や図面の有無で変わります。合併の前に相続登記や抵当権抹消が必要なら、司法書士の費用が別にかかります。

合併登記をしないまま、現況で手放すことはできますか。

できる場合があります。区分登記のままの二世帯住宅を、その状態を理解したうえで現況のまま取り扱う買主であれば、売主が先に合併登記や抵当権抹消の費用を負担せずに手放せることがあります。ただし、名義がそろっていない、相続人の間で合意ができていない、といった場合は成立しないこともあり、個別の判断になります。